Untuk meningkatkan dan memenuhi standar mutu dalam penyelenggaraan pendidikan tinggi dilakukan melalui sistem penjaminan mutu pendidikan tinggi. Pengelolaan sistem penjaminan mutu dilakukan oleh UPT Penjaminan Mutu.
Sistem Penjaminan Mutu dilaksanakan dengan cara penetapan kebijakan mutu, peraturan mutu, standar mutu, serta dikendalikan melalui manual-manual prosedur dari setiap proses akademik dan non-akademik (organisasi, manajemen dan administrasi, kemahasiswaan, sarana dan prasarana).
Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dilakukan dengan penetapan standar pendidikan tinggi, pelaksanaan standar pendidikan tinggi, evaluasi pelaksanaan standar pendidikan tinggi, pengendalian pelaksanaan standar pendidikan tinggi, dan peningkatan standar pendidikan tinggi.
Penetapan standar pendidikan tinggi diintegrasikan dengan perencanaan SPMI meliputi pembuatan Dokumen Kebijakan SPMI, Dokumen Manual SPMI, Dokumen Standar SPMI, dan Dokumen Formulir SPMI.
Pengendalian pelaksanaan standar pendidikan tinggi meliputi aspek-aspek perencanaan, pemgarahan sumber daya manusia dan sarana/prasarana, pengawasan, monitoring dan evaluasi internal.
pengendalinan dalam bidang akademik meliputi aspek-aspek mutu penerimaan mahasiswa baru, isi pendidikan, proses pendidikan dan pembelajaran, kompetensi lulusan, pendidik dan tenaga kependidikan, sarana dan prasarana, pengelolaan pendidikan, pembiayaan pendidikan, dan penilaian pendidikan.
Pengendalian terhadap organisasi meliputi aspek-aspek relevansi, efisiensi, efektivitas, akuntabilitas dan produktivitas struktur organisasi.
Pengendalian dalam bidang manajemen meliputi sistem kerja dan kinerja pimpinan, staf dan pegawai pada organisasi sekolah tinggi, jurusan/program studi, unit pelaksana teknis.
Pengendalian dalam bidang administrasi meliputi aspek-aspek efisiensi, efektivitas, dan produktivitas pelayanan terhadap mahasiswa, dosen, pimpinan, staf, dan stakeholders.
Pengendalian dalam bidang sarana dan prasarana meliputi kebutuhan ambang batas dan standar pelayanan optimum baik untuk kebutuhan organisasi maupun proses pembelajaran dan aktivitas kemahasiswaan.
Hasil monitoring dan evaluasi internal menjadi masukan untuk melakukan pengendalian dan perubahan/perbaikan mutu pada berbagai aspek secara terus menerus.
Untuk pengendalian yang bersifat khusus, dapat dibentyuk komisi atau tim sesuai dengan kebutuhan, ketentuan lebih lanjut mengenai Sistem Penjaminan Mutu dapat diatur dengan Keputusan Rektor Universitas Sebelas April